内设机构：
办公室、待遇保障科、医药服务管理科、基金监管科、规划财务和法规科、医药价格和招标采购科、机关党委(人事科)。
主要职责：
（一）拟订全市社会医疗保险、生育保险、医疗救助等医疗保障制度及相关社会职能的政策、规划、标准并组织实施。
（二）组织制定并实施全市医疗保障基金监督管理办法，监督管理各项医疗保障基金,建立健全医疗保障基金安全防控机制，推进医疗保障基金支付方式改革。
（三）组织制定全市医疗保障筹资和待遇政策，完善动态调整和区域调剂平衡机制，统筹城乡医疗保障待遇标准，建立健全与筹资水平相适应的待遇调整机制，组织拟订并实施长期护理保险制度改革方案。
（四）执行全省城乡统一的药品、医用耗材、医疗服务项目、医疗服务设施等医保目录和支付标准。
（五）根据上级部门药品、医用耗材价格和医疗服务项目、医疗服务设施收费等政策，建立合理的医保支付医药服务价格和确定动态调整机制，推动建立市场主导的社会医药服务价格形成机制，建立价格信息监测和信息发布制度。
（六）执行国家和省药品、医用耗材的招标采购政策并监督实施。
（七）制定全市定点医药机构协议和支付管理办法并组织实施，建立健全医疗保障信用评价体系和信息披露制度，监督管理纳入医保范围内的医疗服务行为和医疗费用，依法查处医疗保障领域违法违规行为。
（八）负责全市医疗保障经办管理、公共服务体系和信息化建设。指导和监督全市医疗保险、生育保险、医疗救助等医疗保障经办业务工作。组织制定和完善异地就医管理和费用结算政策。建立健全医疗保障关系转移接续制度。
（九）执行国家和省城乡医疗救助和医保扶贫政策，负责全市医疗救助和医保扶贫政策的制定、监督、实施工作。
（十）完成国家、省医疗保障局和市委、市政府交办的其他任务。
（十一）职能转变。按照党中央、国务院关于转变政府职能、深化放管服改革，深入推进审批服务便民化的决策部署，组织推进本部门转变政府职能。完善全市统一的城乡居民基本医疗保险制度和大病保险制度，巩固完善城乡居民医疗救助制度。建立健全覆盖全民、城乡统筹的多层次保障体系。不断提高医疗保障水平，确保医保资金合理使用、安全可控。按照职责分工推进医疗、医保、医药“三医联动”改革，更好地保障人民群众就医需求、减轻医药费用负担。
（十二）与市卫健委的有关职责分工。市卫健委、市医保局等部门在医疗、医保、医药等方面加强制度、政策衔接，建立沟通协商机制，协同推进改革，提高医疗资源使用效率和医疗保障水平。