1、综合科：负责机关日常运转工作；负责市口岸工作领导小组办公室的日常工作。
2、口岸管理科：负责协调联系口岸联检机构及口岸相关单位；牵头组织新开放口岸、海关特殊监管区域可行性研究、申报、验收工作；负责协调口岸设施建设和改造，管理电子口岸；负责协调中欧班列建设、运营工作；负责市打击走私工作领导小组办公室的日常工作。
3、进出口企业服务科：指导进出口企业拓展进出口业务，组织协调企业开展港澳等地直航工作；组织全市进出口企业和从城陵矶进出口货物的外地航运物流企业开展口岸业务交流、培训等活动；负责进出口企业招商引资联络和口岸经济运行情况的统计预报工作；负责协调优化口岸营商环境，处理进出口企业投诉工作。
4、行政财务科：负责机关财务工作；负责统筹市级财政对口岸联检机构及口岸相关单位补充工作经费的申报对接；负责中央、省、市各级财政对进出口企业口岸专项补贴经费的会审、申报、跟踪问效等管理工作；组织协调有关部门编制口岸发展总体规划；组织协调新开放口岸、海关特殊监管区域及航线的规划、建设等工作；负责协调处理口岸建设发展中的重大问题。
机构职能
（一）贯彻执行国家有关口岸工作的法律法规和政策，根据实际，制定口岸管理实施细则；会同相关部门编制全市口岸总体规划，承办新开放口岸、海关特殊监管区域报批工作，组织协调口岸作业区和海关特殊监管区域建设的申报、验收，并督促实施。
（二）负责协调口岸联检机构和口岸相关单位以及综合保税区等海关特殊监管区域和全市进出口企业之间的“大通关”工作。
（三）负责协调口岸联检机构、口岸相关单位之间的工作关系，督促其按各自职责对出入境人员、货物等进行监督管理；牵头组织口岸综合治理，整顿口岸秩序，处理突发事件，督促口岸相关单位加强口岸限定区域内的安全管理；负责协调优化口岸营商环境和推进信息化建设。
（四）负责承办市口岸工作领导小组办公室和市打击走私工作领导小组办公室的日常工作；负责本市口岸相关数据的统计分析和对外发布。
（五）完成市委、市政府交办的其他事项。